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財政部已經完成直轄市升格後，縣市統籌稅款分配原則，包括北、高兩市以及新升格三都、準直轄市桃園縣，合計六都將可獲配統籌款的61%，以100年統籌稅款規模1,800億元換算，獲配總額達1,100億元。

因應縣市年底升格為直轄市，財政部已重新調整統籌稅款分配比率，修正後的統籌稅款分配辦法規定，直轄市、縣市及鄉鎮的統籌款分配比率將自現行的43%、39%及12%，大幅調整為61%、24%及9%。財政部重申，各縣市獲配統籌款加計補助款的總額不會比99年少。

重新訂定的中央統籌分配稅款分配辦法的分配比率，直轄市由現行43%提高為61%；縣市則從39%下降為24%；鄉鎮市也從12%降為9%；特別統籌款則維持6%不變。

99年統籌款規模為1,736億元，預估明（100）年可達1,800 億元。縣市未升格前，按照43%比率分配給直轄市的統籌款規模是774億元，原本僅由北、高及新北市三都共享。修正後統籌款分配比率，���轄市統籌款增加324億元，總額雖達1,098億元，但要由台北市、新北市、大高雄、大台中、大台南，以及準直轄市桃園縣六都共分。

相較縣市原本獲配的39%統籌款，是由22縣市共分，因部分縣市升格，導致共分縣市減為16個，修正後的統籌款分配比率亦配合調降為24%，縣市可分配統籌款自702億元減為432億元，縮水270億元。由於共分縣市減少，財政部指出，整體縣市獲配金額不會減少。

為保證縣市可分配財源不會減少，財政部也將統籌稅款儲存在國庫專戶產生的孳息，納入縣市分配財源的比重，比照統籌款分配比率調整。原本統籌款儲存專戶的孳息，扣除地方建設基金利息損失或費用後的餘額，按46%分配給直轄市的比重調高為65%，縣市則自41%調降為25%，鄉鎮市自13%降為10%。