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二○○八年二次政黨輪替時，總統陳水扁卸任時，一併帶走大量機密文件，陳水扁辦公室日前行文總統府，表示願返還二十箱文件，但開出「阿扁釋放後親自處理」的條件；府方要求扁辦依法返還，扁辦不理��總統府考慮提告。

這場總統府與扁辦的「公文大戰」，府方不排除訴諸法律，但是扁辦主任陳淞山仍然態度強硬表示，府方要告就告，「我必須以陳前總統的意思為意思」。

總統府發言人羅智強表示，由於事涉國家文件檔案保全，府方已邀請法律專家開會商討，原則就是依法辦理；但據了解，府方這兩天將決定最後處置方案，不排除提告。

黨政人士解釋，即使正副總統交接條例尚未完成立法，根據國家機密保護法規定，只要這二十箱文件內「有一分屬機密件」，包括陳水扁、扁辦幕僚，都有觸法之虞，「絕對躲不掉」。

立法院八月中旬修法取消陳水扁禮遇金，扁辦早在六月廿二日就率先出招，發文特偵組，表示扁辦七月廿日將搬遷，詢問陳水扁卸任時攜帶總統府內的文件、檔案應如何處理？

總統府八月十六日去文扁辦，強調依「檔案法」規定，文件、檔案留置扁辦於法不符，「建請盡速釐清」；扁辦八月廿四日回文，表示不知檔案內容為何，同時更附帶但書，「需等陳前總統解除羈押親自處理所攜出之文件、檔案」。

八月卅一日總統府公文強調，總統府有收回管理檔案之權，要求扁辦「文到之日三日內惠復」，但扁辦遲遲沒有回復，迫使府方採取法律行動。

儘管陳水扁兩年來一直否認帶走機密文件，馬蕭辦公室卻指控「民進黨八年執政，只 交付七百多件，且不含總統檔案」；扁辦這次提及有二十箱文件，也證實當初並未完全交接完成。

國民黨立委邱毅曾公開指控，被阿扁「Ａ走」至少四百四十九件機密檔案，其中有屬於「極機密」等級，應該不只有廿箱。此外，特偵組偵辦扁案曾扣押大批資料文件，裡面更曾發現不少國防、外交等機密檔案。